控股合并是企业并购重组的重要形式之一，其税务处理涉及企业所得税、契税、土地增值税、印花税等多个税种，规则复杂且各税种之间存在显著差异。本文以《企业会计准则第20号——企业合并》所界定的控股合并为起点，从税法定性入手，系统分析控股合并（即100%股权收购）在各主要税种下的处理规则。本文旨在以控股合并为研究对象，系统梳理其在企业所得税、契税、土地增值税、印花税四个主要税种下的税务处理规则，辨析关键概念差异，提示潜在风险，并提出实务操作建议。

一、控股合并的概念界定与税法定性

（一）会计上的控股合并

根据《企业会计准则第20号——企业合并》，企业合并分为吸收合并、新设合并和控股合并三种类型。控股合并，是指收购方取得对被收购方的控制权，但被收购方法人资格继续存续，仍然独立经营。换言之，在控股合并中，收购方通过购买股权获得对被收购企业的控制权，但被收购企业并未注销，依然作为独立法人从事经营活动。收购方持有的是被收购方的股权，而非直接取得其资产和负债。100%股权收购完全符合控股合并的定义——收购方取得被收购方全部股权，实现对被收购方的完全控制，但被收购方法人资格不受影响，继续存续经营。

（二）税法上的股权收购定性

控股合并虽然符合会计准则的“合并”概念，但在企业所得税法上，它并不属于“企业合并”，而是被定性为“股权收购”。这一定性差异是理解控股合并税务处理的关键。根据《财政部 国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）第一条规定，企业重组包括六种类型：企业法律形式改变、债务重组、股权收购、资产收购、合并、分立。其中：股权收购，是指一家企业（收购企业）购买另一家企业（被收购企业）的股权，以实现对被收购企业控制的交易。收购企业支付对价的形式包括股权支付、非股权支付或两者的组合。合并，是指一家或多家企业（被合并企业）将其全部资产和负债转让给另一家现存或新设企业（合并企业），被合并企业股东换取合并企业的股权或非股权支付，实现两个或两个以上企业的依法合并。两者最根本的区别在于：合并以被合并方法人资格终止（即注销）为前提，被合并企业的全部资产和负债依法转移至合并企业；而股权收购中，被收购企业继续存续，法人资格不受影响，仅股东层面发生变化。100%股权收购完全符合财税〔2009〕59号文对“股权收购”的定义——收购企业购买另一家企业的股权，以实现对被收购企业控制。即使收购比例达到100%，其法律性质仍然是股权收购，而非合并，因为被收购企业并未注销，依然作为独立法人存续经营。

（三）会计概念与税法概念的对应关系

为了便于理解，可以将会计准则与税法中的相关概念作如下对应：

财税〔2009〕59号文所界定的“合并”，相当于《企业会计准则第20号——企业合并》所界定的吸收合并和新设合并；会计准则所界定的控股合并，相当于财税〔2009〕59号文所界定的股权收购。理解这一对应关系，对于正确适用各项税收政策至关重要。后续各税种的分析，均以“控股合并=股权收购”的定性为逻辑起点。

二、企业所得税处理

控股合并（100%股权收购）的企业所得税处理，是整项交易中最为核心的税务问题。根据财税〔2009〕59号文的规定，股权收购的企业所得税处理分为一般性税务处理和特殊性税务处理两种方式。

（一）一般性税务处理

一般性税务处理，即按照常规的所得税规则处理股权转让交易，通常被视为“应税重组”。根据财税〔2009〕59号文第四条规定，股权收购适用一般性税务处理时，各方应按以下规则处理：

1. 被收购方的处理

被收购方（即被收购企业的股东）应确认股权转让所得或损失。股权转让所得的计算公式为：股权转让所得 = 股权转让公允价值 - 股权原计税基础。对于100%股权收购而言，被收购方的原股东需要就股权增值部分缴纳企业所得税（或个人所得税，视股东身份而定）。

2. 收购方的处理

收购方取得被收购企业股权的计税基础，以公允价值为基础确定。这意味着，收购方账面上确认的长期股权投资计税基础等于其支付对价的公允价值。

3. 被收购企业的处理

被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。由于被收购企业法人资格继续存续，其原有的税收优惠、亏损弥补等税务属性不受影响。一般性税务处理的核心特点是“当期确认所得”，交易中隐含的股权增值在重组当期即被“实现”征税，对被收购方股东而言，当期税负可能较高。

（二）特殊性税务处理（递延纳税）

特殊性税务处理，是指符合条件的股权收购交易可以暂不确认股权支付部分的转让所得，实现递延纳税。这一制度设计的核心理念是“税收中性”，即符合条件的企业重组不应因税收负担而阻碍正常的商业整合。

根据财税〔2009〕59号文第五条和第六条规定，股权收购适用特殊性税务处理需同时满足以下五大条件：条件一：具有合理的商业目的。企业重组的目的应当是合理的，而非仅仅为了减少、免除或者推迟缴纳税款。这要求企业在进行重组时，应当以实现企业长远发展、优化资源配置等商业目标为主要考虑因素。；条件二：收购股权比例符合规定。收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的50%。根据《财政部 国家税务总局关于促进企业重组有关企业所得税处理问题的通知》（财税〔2014〕109号），原规定的75%已调整为50%。100%股权收购显然满足这一条件。条件三：经营连续性。企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。这意味着，重组后的被收购企业应当继续从事原有的主营业务，不得进行重大调整。条件四：股权支付比例符合规定。重组交易对价中涉及股权支付金额符合规定比例。具体而言，股权支付金额不低于交易支付总额的85%。如果收购方全部以自身股权作为支付对价，股权支付比例为100%，自然满足该条件。条件五：原主要股东持股限制。企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。这一条件旨在防止股东通过快速转售套现规避税收。

需要特别指出的是，上述五项条件必须同时满足，缺一不可。

（三）两种处理方式的比较分析

一般性税务处理与特殊性税务处理在核心特点、适用前提、所得确认和计税基础确定等方面存在显著差异。

核心特点：一般性税务处理视同销售清算，交易中的股权增值在当期即被确认征税；特殊性税务处理则体现税收中性原则，实现递延纳税。

适用前提：一般性税务处理适用于不满足特殊性税务处理条件，或企业主动选择不适用的情况；特殊性税务处理必须同时满足合理商业目的、权益连续性（股权比例≥50%、股权支付≥85%）、经营连续性等严格条件。

所得/损失确认：一般性税务处理中，被收购方股东按公允价值确认股权转让所得或损失；特殊性税务处理中，被收购方股东对股权支付部分不确认当期所得或损失，仅对非股权支付部分确认所得或损失。

计税基础确定：一般性税务处理中，收购方取得股权的计税基础按公允价值确定；特殊性税务处理中，收购方取得股权的计税基础按被收购方股权的原计税基础确定，被收购方股东取得收购方股权的计税基础按其原持有的被收购方股权的计税基础确定（对股权支付部分）。

税收属性结转：一般性税务处理中，被收购企业的亏损不得结转至收购企业弥补；特殊性税务处理中，被收购企业的亏损可以限额由收购企业承继。

非股权支付处理：特殊性税务处理中，对于非股权支付部分（占比不超过15%），被收购方股东仍需确认相应的股权转让所得或损失，收购方取得资产的计税基础需相应调整。

实操要点：特殊性税务处理的精髓在于不确认所得/损失和原计税基础结转，这意味着交易中隐含的资产增值或股权增值在重组当期没有被“实现”征税，税收负担被递延到未来（例如，当收购企业未来处置被收购企业股权时，由于计税基础较低，可能会产生较多税款）。这是一种时间性差异，而非真正的免税。

（四）特殊性税务处理的备案程序

企业选择适用特殊性税务处理，还需履行相应的备案程序。根据相关规定，企业发生符合特殊性税务处理条件的重组业务，应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面备案资料。备案资料应包括但不限于重组协议、资产评估报告、股权支付凭证、连续经营活动说明等，以证明企业重组的合理性、连续性和股权支付的稳定性。如企业未按规定提交书面备案资料，或备案资料不符合要求，主管税务机关将不予认可其特殊性税务处理，企业需按一般性税务处理规定进行税务处理，并可能面临补税、罚款等税务风险。

三、契税处理

（一）契税的基本规则

契税是在土地、房屋权属转移时，向承受方征收的税种。在控股合并（100%股权收购）中，被收购企业的土地、房屋始终登记在企业名下，并未过户到收购方，因此权属并未发生转移。根据《财政部 税务总局关于继续实施企业、事业单位改制重组有关契税政策的公告》（财政部 税务总局公告2023年第49号）第九条明确规定：“在股权（股份）转让中，单位、个人承受公司股权（股份），公司土地、房屋权属不发生转移，不征收契税。”该政策执行期限为2024年1月1日至2027年12月31日。

（二）“合并”免征契税的适用范围

值得注意的是，契税优惠政策中对于“公司合并”免征契税的规定，特指法律意义上的吸收合并或新设合并——即被合并方必须解散、法人资格注销，全部资产和负债转移到合并方。而100%股权收购中，被收购方企业依然存续，法人资格没有注销，资产和负债也没有直接过户到收购方名下。因此，在契税法上，这不叫“合并”，而是“公司股权（股份）转让”，适用的是上述第九条“不征收契税”的规定，而非“合并”的免征契税规定。

四、土地增值税处理

（一）基本原则：原则上不征收

土地增值税的征收前提是“转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入”（《土地增值税暂行条例》第二条）。在股权收购中，土地使用权并未转让，仍登记在目标公司名下，因此原则上不触发土地增值税纳税义务。

单纯的股权转让是不征收土地增值税的。其法理基础在于：公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。股东发生变化，但公司本身作为独立核算的经济实体仍然存在，独立法人资格并未取消，公司的法人财产权未发生变化。

（二）“穿透征税”的例外风险

尽管原则上不征收土地增值税，但国家税务总局曾针对个别案例作出批复，对以股权转让形式实质转让房地产的行为，穿透征收土地增值税。最具代表性的是《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函〔2000〕687号），其中明确：“鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100%的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。”此后，国家税务总局还在其他个案中作出类似认定，例如国税函〔2009〕387号、国税函〔2011〕415号批复中，同样认定利用股权转让方式让渡土地使用权的行为，实质是房地产交易行为，应征收土地增值税。

（三）687号批复的法律效力辨析

需要特别注意的是，上述批复是针对特定个案的答复，仅对请示单位具有约束力，并非具有普遍适用性的规范性文件。原安徽省地方税务局就曾明确指出，“该文件专发广西，仅针对特定案例”。各地税务机关对此问题的执行口径存在差异，部分地区严格遵循“无产权转移则不征税”的原则，部分地区则参照个案批复精神进行穿透认定。

从法理层面看，对此问题存在两种对立的观点：观点一（支持穿透征税）：基于实质课税原则，以转让股权名义转让房地产行为的实质是不动产权利发生了转移。当股权向股东之外的人转让，特别是全部股权转让时，土地等不动产权利虽然形式上仍在公司名下，但公司整体资产实际上已经易主，作为公司整体资产一部分的土地等不动产实质上变更了权利主体。观点二（反对穿透征税）：应当遵循税收法定原则。《土地增值税暂行条例》第二条规定的是“转让房地产”而非“转让股权”为征税对象。股权转让行为中，产权人在股权转让前后并未发生变动，不应属于土地增值税的征税范围。

（四）实务风险提示

如果目标公司的主要资产为土地使用权或房产（尤其是房地产开发企业），且股权转让比例较高（如100%），税务机关有较大可能依据实质重于形式原则，穿透认定为房地产转让并征收土地增值税。

五、印花税处理

（一）控股合并中书立的产权转移书据

控股合并（100%股权收购）过程中，通常会涉及股权或资产的权属变更，需要书立“产权转移书据”。根据《中华人民共和国印花税法》所附《印花税税目税率表》，“产权转移书据”包括股权转让（不包括应缴纳证券交易印花税的）、不动产转让等，税率为价款的万分之五。

（二）14号公告的“合并”免征印花税不适用

《关于企业改制重组及事业单位改制有关印花税政策的公告》（财政部 税务总局公告2024年第14号）对企业改制、合并、分立、破产清算以及事业单位改制书立的产权转移书据，免征印花税。该公告第四条第（二）款对“合并”给出了明确、严格的界定：“合并，是指两个或两个以上的公司，依照法律规定、合同约定，合并为一个公司，且原投资主体存续。母公司与其全资子公司相互吸收合并的，适用该款规定。”关键词是“合并为一个公司”。这意味着在法律形式上，参与合并的公司必须最终只有一个公司存续（吸收合并）或新设一个公司（新设合并），其他公司均须解散注销。而控股合并（例如A公司收购B公司51%以上的股权，取得控制权，但A、B两个公司法人主体均继续独立存续）并不满足“合并为一个公司”的要件。它属于企业重组中的“股权收购”类型，但并非14号公告专门定义的“合并”。因此，控股合并中书立的产权转移书据，不能依据该公告第三条享受免征印花税的优惠。

作者：中汇（武汉）税务师事务所经理  钟燕

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